Naisten Ykkönen pelataan kahdessa kahdeksan joukkueen alueellisessa kaksinkertaisessa alkusarjassa. Tämän jälkeen joukkueet jakaantuvat valtakunnalliseen kahdeksan joukkueen ylempään, yksinkertaiseen jatkosarjaan, jossa pelaavat kummankin alkusarjalohkon neljä parasta joukkuetta. Lähtöpisteitä ylempään jatkosarjaan jaetaan alkusarjan sijoitusten perusteella jaolla 3-2-1-0. Jatkosarjan voittaja nousee suoraan Naisten Liigaan kaudelle 2013.
Naisten Ykkösen ylemmän jatkosarjan ulkopuolelle jääneet joukkueet pelaavat kaksinkertaisen alemman loppusarjan oman lohkonsa joukkueiden kesken. Lähtöpisteitä alempaan jatkosarjaan jaetaan alkusarjan sijoitusten perusteella jaolla 3-2-1-0 (jos joukkueita on neljä) tai jaolla 2-1-0 (jos joukkueita on kolme). Alemman jatkosarjan lohkojen kolmanneksi ja alemmaksi sijoittuneet joukkueet putoavat Naisten Kakkoseen seuraavaksi kaudeksi.
Naisten Ykkösen lohkojako kaudelle 2012
Lohko A (kahdeksan joukkuetta)
FC Kuusysi, Lahti, (FC Kuusysi)
Talenttiklubi 04, Helsinki, (Klubi)
Tampereen Jalkapalloklubi (TJK)
Tikkurilan Palloseura, (TiPS)
Turun Pyrkivä, (Pyrkivä)
Turun Weikot, (TuWe)
Vantaan Jalkapalloseura, (VJS)
FC Viikingit, Helsinki, (FC Viikingit)
Lohko B (kahdeksan joukkuetta)
Football Club Sport -39, Vaasa, (FC Sport)
Football Club United, Pietarsaari, (FC United)
Football Club Rauma, (FC Rauma)
Gamlakarleby Bollklubb, Kokkola, (GBK)
Jyväskylän Pallokerho, (JyPK)
Kauhajoen Karhu, (Karhu)
Pallokissat, Kuopio, (Pallokissat)
Visan Pallo-Juniorit, Kemi, (Visan Pallo-j)